一般短途运输活鱼，可用塑料彩条布铺在鱼箱内，用水养运。为减少死亡，对不够灵活、有机械损伤的鱼应及时剔除。同时在箱上加盖尼龙网罩，以防活鱼跳出。长途运输时可在鱼箱上铺少量水草。夏季每隔４小时换水１次。或采用安眠法运输，即在水中注入二氧化碳和氧气各５０％，活鱼就会处于昏迷状态，然后将“醉鱼”从水中捞出装入塑料袋或鱼箱、鱼盒中运输，这样可使鱼安眠近４０个小时，到达目的地后，再将鱼放进清水中，“醉鱼”在几分钟内便可清醒。
短途运输用湿透水的蒲包包装，并应避免受压和曝晒。长途运输宜用严实的篓子存装，先在篓底铺层泥，并撒些芝麻和打散的鸡蛋，而后将活蟹一只只摆平叠放，再加盖保荫。若在蟹群中放些吸水的海绵和泡沫塑料，则效果更好，可保蟹存活４－５天。因蟹既怕热又怕风，夏季要注意遮阳，冬天要用蒲包或麻袋挡风。
短途运输，可用水充分淋湿鱼体后放入湿蒲包内并扎口，再放进加盖的鱼篓中，每篓装１０公斤左右。长途运输要用鱼箱盛水装载，每天换清水１－２次。由于在运输中密度大、溶氧低，加之鳝鱼喜相互缠绕，移动性差，易造成容器内部发热、缺氧。因此，要在每个鳝鱼箱中混入１公斤泥鳅，利用泥鳅的上游下窜习性来避免鳝鱼缠绕，增加溶氧，提高鳝鱼运输成活率。
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