1、长期使用抗生素导致细菌产生抗药性
虽然耐药性因子的传递频率只有1/106，但由于细菌数量大、繁殖快，在这一频率下，仍造成抗药菌株的扩散、蔓延，而且可以使一种细胞产生多种耐药性。抗生素滥用导致耐药菌株增加，而抗生素饲料添加剂长期、大量的不合理使用是其主要原因。在水产养殖中，一些过去并不严重或较少发生的细菌病，现已上升为水产动物的主要传染病，这与长期滥用抗生素有直接关系。
2、长期使用抗生素导致水产动物机体免疫力下降
大量抗生素在被摄入机体后，会随血液循环分布到各组织器官，水产动物机体的免疫能力就会被逐渐削弱。抗生素还导致抗原体质量降低，直接影响免疫过程，从而对疫苗的接种产生不良影响。
3、长期使用抗生素在水产品和环境中造成残留
抗生素被吸收到体内后的代谢途径多种多样，以肝脏代谢为主，经胆汁由粪便排出体外。一些性质稳定的抗生素被排出到环境中，从而造成环境药物残留。残存的药物通过水产品和环境蓄积于人体和其它植物中，最终以各种途径汇集于人体，导致人体产生大量耐药菌株，失去对某些疾病的抵抗力，或因大量蓄积而对机体产生毒害作用。
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