鱼苗苗种退化是行业内普遍认同的事情。繁殖亲本个体小、培育亲本不重视、鱼性成熟个体小型化、亲本没有跨区域交流、亲本产卵、产精能力下降、近亲繁殖、抗病力差、发病率高、成活率低、生长性能下降，这些都是苗种退化的常见表现。苗种退化后培育、运输、投放水体后成活率下降。
2、鱼苗感染鳃霉引起死亡
鱼苗感染鳃霉而死亡，加上该病的隐蔽性，被诊断率不高，已经成为鱼苗投放后大量死亡的主要原因。在池塘中常见的表现是：放苗后10～15天开始大量死亡，每天死亡数量可达到存量的10%以上，鱼苗累计死亡率可达存量的80%以上。
苗种繁殖期持续阴雨、水温偏低、光照弱等因素导致受精卵孵化时水温低，孵化时间长，孵化率低，加上严禁使用孔雀石绿、鳃霉菌在环境中生存能力强等，使得苗种期鳃霉病高发，该病已对国内鱼苗产业带来严重打击。
临场诊断时有三个特征：
① 背鳍后、尾鳍前、鱼背部有白点，较大的苗种肉眼可见，白点可能是血液阻塞、血管畸形等原因引起。
② 鱼苗嘴巴常张开，喜欢靠近增氧气头、感觉鱼缺氧，但水体溶氧检测充足；凌晨1－5点死亡多，早晨看到较多死鱼；鱼死亡前独游，多在水表面，跳跃或翻转几次急性死亡。
③ 鱼卵孵化、脱膜困难、鱼苗死亡率高。尤其是第 1 个特征出现时，严重怀疑是鱼苗期鳃霉病。通过显微观察的方法确诊，因鱼苗期苗种比较小，鳃部发育不全，观察鳃霉需要耐心。
鳃霉病难以准确诊断的原因：
① 对此病没有足够的认识，认为此病发生率很少。
② 鳃霉病和水霉病分不清楚，认为高温期不会有鳃霉病。
③ 教科书和鱼病图谱上描述不多，图片不多。
④ 判断该病需要显微镜观察仔细。
⑤ 现在很多鱼病诊断场所是显微镜连着电视，低倍物镜、低端摄像头搭配电视，造成电视显示失真，很多电视显示时红色和黑色颜色锐利度差，多只能显示黑白色，难以判断。此病确诊时不要使用电视设备，最好用肉眼通过目镜观察鳃丝颜色。
3、鱼苗寄生虫感染
苗种期间多发的寄生虫有：车轮虫、斜管虫、波豆虫、隐鞭虫、指环虫、三代虫。
原虫类的车轮虫、斜管虫、波豆虫、隐鞭虫，多寄生于鳃丝，繁殖速度快，骚扰鱼苗，引起鱼苗不适，可导致鱼类死亡，多以显微镜镜检确诊。例如车轮虫数量多时，鳍、头部、体表有时出现一层白翳，在水中尤为明显；病鱼体表和鳃黏液增多，成群沿池边狂游，不摄食，呈跑马现象，可导致鱼类死亡。
吸虫类的指环虫、三代虫多寄生于鳃丝，繁殖速度相对原虫慢，但单条的危害大，可大量吸血，以显微镜镜检确诊。常导致鱼苗瘦弱，多器官衰竭死亡。
出苗运输前抽样镜检，发现有寄生虫，及时杀灭，可大幅提高鱼苗投放水体后的成活率。
