接下来我主要简单的讲一下容器和工具的洗涤、消毒。
培藻过程中所有的容器和工具，比如锥形瓶、矿泉水桶、搅拌棒等必须经过去污渍、肥皂等刷洗，之后再用消毒后的蒸馏水冲洗3-4遍。
消毒的方法一般有加热消毒法、化学试剂消毒法、紫外线消毒法。
一般小型仪器用加热消毒法，比如锥形瓶，方法是在锥形瓶瓶口放一培养皿，瓶中加水，煮沸，煮沸完之后，用牛皮纸或纱布包住，备用，这种方法能杀死营养体的部分芽孢。
大型仪器、工具、培养池用化学药品消毒（漂白粉、酒精、高锰酸钾、铬酸洗液等），漂白粉的有效氯含量一般是30-35%，漂白精的有效氯的含量是漂白粉的2倍，消毒时按1/10000-3/10000的含量配成水溶液，浸泡容器、工具半小时，再用消毒水冲洗3-4次（消毒水既是煮沸、沉淀、过滤其中的水）。
水泥池的消毒可配成高浓度的浆糊状漂白溶液，淋洒池壁，半小时后用消毒水冲洗干净。也可以用较低含量的漂白粉进行全池浸泡后，用消毒水冲洗，停放12小时后才可使用。
酒精消毒一般用于人为操作，如在活化藻种、摇瓶或者搅拌的时候，涂抹手，消毒小的仪器上使用。酒精一般是配置成70-75%左右，杀菌效果是最显著的，使生物蛋白脱水变性凝固，故有杀菌效果。
最后还有海水的消毒，一般海水的消毒有过滤和加入化学消毒剂法
因为海水消毒主要用于三级培养，三级大规模培养时候主要用于杀灭有害生物，处理水必须无毒，对培养藻类的生长繁殖影响不大。水消毒必须简单、经济、易行，不然大规模运水特别多的时候培藻成本会加大。
补充：消毒海水时可根据培养的目的和方式选用以下方法之一。1、加热消毒法 经沉淀、过滤的海水，一般加温至90℃左右维持5分钟或达到沸腾即可。由于海水中的一些对藻类生长有促进作用的有机物在高温时易遭破坏，所以加温时间不宜太长。2、过滤除菌法 把经沉淀的海水先经砂滤，把大型生物和非生物杂质去除，再用陶瓷过滤罐过滤，除去微小生物。3、次氯酸钠消毒法 按每立方米海水20毫克有效氯的量加入次氯酸钠溶液，充气10分钟后停气，经6~7小时消毒后，按每立方米水体25克的量加入硫代硫酸钠，强充气4~6小时，用硫酸-碘化钾-淀粉溶液测试，若无余氯即可使用。4、紫外线消毒 有成型的紫外线消毒器可供选用。但此法不易杀灭较大的浮游动物。最好和过滤法结合使用。
