臭氧一种强氧化剂，容易与水中有机物的—C=C—双键反应。臭氧与有机物反应的结果通常使有机分子量变小，芳香性消失，极性增强，可生化性提高。基于臭氧与有机物反应的这些特点，使用臭氧发生器在给水处理中可以起到除臭、脱色、去除藻类等多种作用。

在实际的水处理中臭氧的投加量一般只有几个mg/L，只能部分氧化有机物，生成醛、酮、酸等中间物，因而单独使用臭氧发生器对有机物的去除效果不显著。但臭氧可使有机物分子量减小，可生化性提高，有利于生物处理。因而臭氧与生物处理联用可以更充分地发挥各自对有机物的去除能力。

臭氧发生器采用混凝法除藻时应根据藻的种类选择药剂。去除硅藻时可单独投加硫酸铝，例如番禺市沙弯水厂在硅藻高繁殖期的投铝量从平时的1.2mg/L增加到3.0mg/L，可使沉淀池出水的浊度降至1～2NTU以减少进入滤池的藻类数量。去除绿藻一般需要预氧化，预加氯时其去除率约为95%～98%，无预氯化时其平均去除率为85%(如果考虑到预加氯会产生三卤甲烷，也可以用其他氧化剂)。蓝、绿藻会产生臭味，甚至含有毒素，并且会分泌黏液造成配水管网中出现后絮凝现象，此种分泌物又可能转化为三卤甲烷母体，因此是水处理中较难去除的藻类，也是多数富营养化水体中主要生长的藻类，它对混凝剂投量的调整极为敏感。

另外，藻类代谢产生的有机物对絮凝和过滤也有影响，其原因是该有机物中的酸性物质与混凝剂(铁盐或铝盐)的水解产物发生反应，生成的表面络合物附着在絮体颗粒表面，阻碍了颗粒相互碰撞，因此必须增加混凝剂的投量，补偿由于表面络合物的形成对颗粒脱稳和絮凝造成的影响

利用高锰酸钾除藻也有较好的效果，对碱性水的除藻效果优于中性或酸性水。一般高锰酸钾投加量为1～3mg/L、接触时间≥1～2h，但也有投加量为10mg/L、接触时间为10～15min的特殊情况(为了延长接触时间，可在引水管中投药)。如果预氧化过程中高锰酸钾投量过多，可能会穿透滤池而进入配水管网，出现“黑水”现象，而且出水的含锰量增加，有可能不符合生活饮用水水质标准。过剩的高锰酸钾可在沉淀池中去除，只要淡红色已在池内消失，高锰酸钾就不会进入滤池。有些水厂采用直接过滤工艺(不经过混凝、沉淀)，则需专门的检测设备，以防止多余的高锰酸钾穿透滤池而进入配水管网。有时也可投加粉末活性炭去除过剩的高锰酸钾，其投加点应在高锰酸钾氧化反应完成以后，以免相互作用而降低除藻效果，但是粉末活性炭也可能穿透滤池而进入配水管网，宜在滤速上加以控制。

臭氧发生器和活性炭联合除藻已受到人们的重视。日本福间町水厂原水取自某水库，该水库库容较小、深度较浅，因此藻类容bh24oeap易繁殖(有时有异味)。该水厂仅在水库水位低、藻类多、气味大时增用臭氧—活性炭处理设备，使藻类得到控制。